Načelo rada laboratorijskog sterilizatora uglavnom uključuje osnovne principe termodinamike i mikrobiologije, a učinak sterilizacije postiže se kontrolom temperature i vremena. Posebno:
Toplinska obrada: Sterilizator ubija mikroorganizme, posebno bakterije, viruse i kvasac, grijanjem. Visoka temperatura može učinkovito uništiti staničnu strukturu mikroorganizama, uzrokujući da izgube biološku aktivnost.
Kontrola temperature: Sterilizator obično može točno kontrolirati temperaturu obrađenih predmeta. U preradi hrane obično se odabire i održava specifična temperatura i održava se određeno vrijeme kako bi se osigurao učinkovit učinak sterilizacije, istovremeno minimizirajući štetne učinke na kvalitetu proizvoda.
Medij za prijenos topline: Sterilizator obično koristi paru ili toplu vodu kao medij za prijenos topline, koji može prenijeti toplinu u proizvod kako bi dostigao temperaturu potrebnu za sterilizaciju.
Kontrola tlaka: Sterilizator se obično zapečaćuje kako bi se spriječilo da vanjski zrak uđe i utječe na efekt sterilizacije. Točka ključanja vode povećava se povećanjem unutarnjeg tlaka, postižući na taj način veću temperaturu sterilizacije.